徽州古建筑保护利用是黄山市徽州文化生态保护区建设的基础工作，是一种文化生态整体保护利用的新探索，随着古建筑保护利用的不断深入，也显露出一些问题。比如，保护利用资金仍严重不足。虽然近年来政府加大了保护资金投入，但与古村落、古建筑保护利用的现实需要来说，缺口仍然较大。
另外，保护和利用两者难以实现平衡。徽州古村落、古建筑必须在利用中才能得到有效保护，但是利用要合理，开发须适度。徽州古建筑需要进行有效保护、合理利用、加强管理，才能走向保护利用的科学之路。
专业技术人才仍处于短缺状态。实施徽州古建筑保护利用，亟须大批懂行的传统工匠、艺人，目前徽州古建筑传统手工技术人员青黄不接，“师傅已老、徒弟没找”现象普遍存在，许多徽州古建传统手艺濒临失传，应当加大徽州古建筑营造技艺的抢救和技术人才培训，使祖先留下的珍贵文化遗产得到保护、传承和发展。
